AFI werd in 1991 opgericht door Davey Havok (zang), Mark Stopholese (gitaar) en Vic Chalker (bas). De leden studeerden aan dezelfde middelbare school in Ukiah, Californië en konden stuk voor stuk nog geen enkel instrument spelen. Ook was het even zoeken naar een drummer die gevonden werd in Adam Carson, simpelweg omdat hij een drumstel had. Hun eerste wapenfeit was de split Dork met Loose Change. In die tijd speelden ze nog hardcore punk..
De band ging echter uit elkaar omdat alle leden op verschillende plaatsen hogere studies aanvatten. Kresge speelde in tussentijd ook nog bij Blanks 77. AFI kwam echter weer bij elkaar voor een reünie-optreden en alle leden besloot hierna toch fulltime aan de band te gaan werken. Tussen 1993 en 1995 brachten ze verscheidene EP’s uit en in 1995 volgde ook hun eerste full album: Answer That And Stay Fashionable. In 1996 volgde dan Very Proud Of Ya.
Kresge verliet na een aantal tours de band en werd vervangen door Hunter Burgan die na de opnames van Shut Your Mouth And Open Your Eyes fulltime bassist werd bij de band.
Na de opnames van de A Fire Inside-EP in 1998 verliet Stopholese de band en werd hij vervangen door Jade Puget. De band nam met hem Black Sails In The Sunset op, een muzikaal keerpunt in de carrière van de band. Zo werden er horror punk-invloeden in de muziek verwerkt. Daarnaast verzorgde The Offspring-zanger Dexter Holland ook gastvocalen op een aantal nummers van het album.
Op de EP All Hallows stond het nummer “Totalimmortal” dat de nodige airplay op de radio in de Verenigde Staten kreeg waardoor AFI doorbrak naar een breder publiek.
Met het album The Art Of Drowning wisten ze weer naar een iets breder publiek door te breken, mede dankzij de single “The Days Of The Phoenix”.
In 2002 stapte AFI over van Nitro Records naar major Dreamworks Records. Hier brachten ze in 2003 Sing The Sorrow op uit. Ze kregen daarnaast ook een MTV Video Music Award voor de video van “Girl’s Not Grey”.
Volgend op dit succes brachten ze in 2006 het album Decemberunderground uit. De sound evolueerde nog verder en bevatte ook New wave elementen. De single “Miss Murder” scoorde hoog in de Verenigde Staten en ook “Love Like Winter” met het nodige succes weg te kapen. In december van hetzelfde jaar bracht de band de dvd I Heard a Voice uit. Op 29-09-09 komt het nieuwe album “Crash Love” uit, er is een gewone versie en een “Deluxe edition”. De singles van dit album zijn de nummers “Medicate” en “Beautiful Thieves”. Crash Love is een album met meer gitaren, de elektronische geluiden / samples zijn bij dit album wegelaten in tegenstelling tot Decemberunderground.